Begin 2006 is de projectgroep die zich bezig houdt met de openstelling er op attent gemaakt, dat er wel degelijk zwaar beschermde soorten in het kanaal voorkomen. Met deze informatie is niets gedaan. Pas nadat er op 8 september 2006 in de pers aandacht aan is besteed, beseffen de overheden langzamerhand dat zij niet om de zwaar beschermde flora en fauna heen kunnen. Landschapsbeheer krijgt dan de opdracht om onderzoek te doen naar de in het Polderhoofdkanaal voorkomende Gestreepte waterroofkever. Het onderzoeksrapport werd in december (2006)aan de provincie aangeboden. Het Comité Belangenbehartiging Polderhoofdkanaal heeft de provincie om dat rapport gevraagd en het ook gekregen. Het rapport maakt duidelijk dat er zeer vele, zeer zeldzame en zeer zwaar beschermde planten en dieren voorkomen in het PHK waaronder de gestreepte waterroofkever.  Uit dit onderzoek blijkt ook, dat vrijwel nergens in Nederland deze kever in zulke hoge dichtheden wordt aangetroffen en het Polderhoofdkanaal een zeer belangrijk leefgebied vormt. Het rapport van Landschapsbeheer geeft aan, dat het volledig compenseren van het leefgebied zeer lastig en zo niet onmogelijk is. Dit, omdat er nog te weinig bekend is over het inrichten van nieuwe leefgebieden voor de Gestreepte waterroofkever. Er wordt aanbevolen contact op te nemen met specialisten. Het rapport is verder ook glashelder over de effecten van openstelling van het PHK: de natuurwaarden zullen worden aangetast en daarom zijn er vergaande compenserende maatregelen nodig. Om de precieze maatregelen te bepalen moet er nader onderzoek plaatsvinden, zo stelt Landschapsbeheer.

De gemaakte kosten in 2006 bedragen € 89.478,64