Het PHK heeft, naast een cultuurhistorische waarde ook een aantal bijzondere natuurwaarden. Het heldere water is van goede kwaliteit en biedt leefruimte aan tal van bijzondere dieren en planten. Meest in het oog springend zijn de uitgebreide watervegetaties bestaande uit gezelschappen van fonteinkruiden, Krabbescheer en waterlelies. Jarenlang was het PHK de enige groeiplaats in Fryslân van het zeldzame Langstengelig fonteinkruid Potamogeton praelongus (Van der Ploeg, 1990). , De combinatie van schoon, helder water met een gevarieerde watervegetatie vormen de biotoop voor zeldzaamheden als de Gestreepte waterroofkever De Graphoderus bilineatus en de Groene glazenmaker Aeshna viridis

De aanwezigheid van deze kritische soorten in het PHK geeft aan dat we hier te maken hebben met een bijzonder ecosysteem en een kwetsbare levensgemeenschap van planten en dieren Deze levensgemeenschap was in vroeger tijden in onze provincie helemaal niet zeldzaam, maar is door diverse oorzaken (o.a. intensivering landgebruik, vervuiling, ontwatering, inlaat van gebiedsvreemd water) tussen de jaren ’60 en ’70 vrijwel verdwenen (Maasdam, 1999) Tegenwoordig zijn veel van onze grote wateren (meren, plassen en vaarten) sterk verrijkt en daardoor vertroebelt. De van nature aanwezige ecosystemen zijn hierdoor vrijwel onherstelbaar aangetast. Door de voedselrijkdom en verbraseming zijn veel van onze meren en kanalen tegenwoordig een groene soep waarin waterplanten alleen nog maar spaarzaam aanwezig zijn. Hierdoor zijn de oorspronkelijke levensgemeenschappen van heldere, vegetatierijke meren en plassen vrijwel verdwenen. Maar in het PHK vinden we nog restanten van deze sterk bedreigde levensgemeenschap.

Bij het opnieuw bevaarbaar maken van het PHK zal door de vaarbewegingen het water minder "rustig"worden wat omwoeling van de bodem tot gevolg heeft De emerse watervegetates (waaronder de Fonteinkruiden) zullen hierdoor verdwijnen Daarnaast speelt ook de golfslag vanaf de oevers en boeggolfwerking van de boten een rol. Krabbescheer (en daarmee de Groene glazenmaker) zal hierdoor verdwijnen.